Doch konnte diese Notkirche auf dem Fichtenbühl natürlich keine Dauerlösung sein. Deshalb beauftragte die Diözese Stadtpfarrer Dr. Käs, einen geeigneten Bauplatz für eine neue Kirche zu suchen. Und hier überschneiden sich Kirchengeschichte und Zeitungsgeschichte: Zu den bestehenden Zeitungen „Der neue Tag“ und „Oberpfälzer Nachrichten“ wollte Verleger Dr. Hans Nickl eine dritte Zeitung gründen. Deshalb errichtete er in der Regensburger Straße ein Verlagsgebäude. Drei Zeitungen in der damals kleinen Stadt Weiden? Kurz vor Fertigstellung der neuen Zeitungsdruckerei gewannen vernünftige Überlegungen die Oberhand und Dr. Nickl einigte sich mit den bisherigen Verlegern des „Neuen Tag“ und trat als Mitherausgeber in die Geschäftsleitung ein.

Damit blieb es bei zwei Zeitungen in Weiden, aber das neu erbaute Verlagsgebäude war somit überflüssig. Und eben dieses unvollendete Verlagsgebäude kaufte dank der Vermittlung des Stadtpfarrers die Diözese, um es zur neuen Kirche der zukünftigen Pfarrei St. Johannes umbauen zu lassen. Damit ist eine Besonderheit der neuen Pfarrkirche zu erklären: Sie liegt nicht inmitten der Pfarrei, sondern im Gewerbegebiet an der Bahnlinie und an der heutigen Autobahn A 93.

Mit dem Umbau wurde der Münchener Regierungsbaumeister Friedrich Haindl beauftragt: Er galt als Spezialist für den Umbau von Profanbauten zu Kirchen. Wenn die Kirche St. Johannes von Anfang an als Kirche gebaut worden wäre, sähe sie vermutlich anders aus, aber unter den gegebenen Umständen hat Regierungsbaumeister Haindl hervorragende Arbeit geleistet. Die Druckerei war zweigeschossig; die Zwischendecke musste deshalb größtenteils herausgesägt werden. Schwieriger war, dass die Außenwände ziemlich schwach und mit vielen Fenstern bestückt waren. Die Lasten wurden vor allem von Stützen im Inneren getragen, wie man es noch in der Unterkirche sehen kann.

Der Architekt ließ zwei Drittel der Fenster im Erdgeschoss zumauern und schuf zur Stabilisierung der Seitenwände zur Mitte vorspringende Querwände, die er aber wiederum durch Rundbögen durchbrach, wodurch ein Umgang entstand, der zum seitlichen Betreten der Bänke und für liturgische Umzüge dient. Die Fensterreihen im Erdgeschoss und vor allem im Obergeschoss senden viel, aber indirektes Licht in die Kirche und nehmen ihr damit z.T. ihre Nüchternheit. Daran, dass zur Erbauungszeit anfangs der 50er Jahre die Mittel sehr knapp waren, erinnert auch noch der sehr einfache Fliesenboden, den man heute nicht mehr in einer Kirche verlegen würde.

Nach einem Jahr Umbauarbeiten war die Kirche dann fertiggestellt.

Im Glockenturm hing eine einzige Glocke, die Verleger Dr. Nickl gestiftet hatte. In den allerletzten Tagen kam gerade noch termingerecht der Tabernakel, gestiftet von Herrn Kommerzienrat Josef Witt. Und auf der Empore stand eine kleine Leihorgel – auch die übrigen benötigten Gegenstände hatte man sich ausgeliehen.

Es war eine bescheidene, aber würdige Kirchweihfeier. Erzbischof Dr. Michael Buchberger schloss in feierlicher Zeremonie die Reliquien der Märtyrer Aelidorus, Aetherius und Charus in den Hauptaltar ein und zelebrierte die erste Eucharistie. Am Nachmittag wurde in feierlicher Prozession das Allerheiligste aus der Notkirche in die neue Pfarrkirche übertragen.

Seitdem brennt das Ewige Licht am Altar.

Nach dem Urteil des Glockenexperten (Leingärtner-Kammerer, Glockenprüfer aus Regensburg) sind die Glocken ausgezeichnet gelungen. Am 31. Mai 1957 wurden sie im Auftrag des Bischofs von Geistl. Rat Dr. Karl Käß feierlich geweiht.